10 yıldan fazla bir süre önce, hastalığın HIGM1 formunun gelişimine yol açan mutasyonlar içeren bir gen keşfedildi. 1993 yılında, beş bağımsız araştırma grubunun çalışmalarının sonuçları yayınlandı ve CD40 ligand genindeki (CD40L) mutasyonların, hiper-IgM sendromunun Xt bağlantılı formunun altında yatan moleküler bir kusur olduğunu gösterdi. gp39 (CD154) - CD40L proteinini kodlayan gen, X kromozomunun uzun kolunda (Xq26-27) yer alır. CD40 ligandı, aktive edilmiş T lenfositlerin yüzeyinde ifade edilir.