Patojenin tespiti pnömosistozis tanısını doğrulamak için hayati önem taşır. Çalışmanın ana materyali balgam, bronşiyal salgılar, bronşiyal lavaj veya bronkoalveolar lavaj sırasında elde edilen yıkamalar, transbronşiyal, perkütan veya açık biyopsi sırasında alınan akciğer dokusu parçalarıdır. Çoğu zaman, hastanın ciddi durumu nedeniyle, komplikasyonlardan kaçınmak için bu manipülasyonlar yapılmaz.