Kene kaynaklı viral ensefalitin etken maddesi flavivirüs cinsine aittir. Virion küreseldir, çapı 40-50 nm'dir, RNA içerir ve birçok doku kültüründe iyi çoğalır. Laboratuvar hayvanları arasında beyaz fareler, hamsterlar, maymunlar ve pamuk sıçanları virüse en duyarlı olanlardır. Birçok evcil hayvan da kene kaynaklı ensefalit virüsüne karşı hassastır.