Doğuştan sitomegalovirüs enfeksiyonu durumunda, fetal hasarın niteliği enfeksiyon dönemine bağlıdır. Gebeliğin ilk 20 haftasında annede akut sitomegalovirüs enfeksiyonu, kendiliğinden düşük, fetüsün intrauterin ölümü, ölü doğum, çoğu durumda yaşamla bağdaşmayan kusurlarla sonuçlanan ciddi fetal patolojiye yol açabilir. Gebeliğin geç evrelerinde sitomegalovirüs enfeksiyonu durumunda, çocuğun yaşamı ve normal gelişimi için prognoz daha elverişlidir.