Kene kaynaklı ensefalitin şu belirtilerinden hastalar endişe duymaktadır: baş ağrısı, genel halsizlik, halsizlik, üşüme, sıcaklık hissi, terleme, baş dönmesi, göz bebeklerinde ağrı ve fotofobi, iştahsızlık, kaslarda, kemiklerde, omurgada, üst ve alt ekstremitelerde, alt sırtta, boyunda ve eklemlerde ağrı.